AREs Logo
โš—BioTools
by DSW
Online (Lokal Ready)
๐Ÿ  Home AREs
NCBI Search & BLAST
Lacak data Accession atau QBlast sekuens dengan filter diversitas otomatis.
Format Input: Jika input berupa TEKS (misal nama spesies), sistem akan melakukan pencarian database (E-Search). Jika input berupa SEKUENS DNA (>20bp), sistem otomatis memanggil server NCBI QBlast.
๐Ÿ“‚ Unggah File FASTA / TXT (opsional)
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna ยท .txt ยท .seq โ€” Maks 50 MB
Manipulasi Sekuens DNA
Kalkulasi GC%, Reverse Complement, dan Translasi Kodon offline.
๐Ÿ“‚ Unggah File FASTA / TXT (opsional)
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna ยท .txt โ€” Single sekuens direkomendasikan
Panjang (bp)
0
GC Content
0.0%
Output Hasil
Pairwise Sequence Alignment
Mendeteksi mutasi, insersi, dan delesi menggunakan algoritma Smith-Waterman lokal.
Algoritma penjajaran ini disertai perhitungan Sequence Identity and Similarity (SIAS). Batas rekomendasi input adalah 3000 bp per sekuens agar RAM browser bekerja optimal.
๐Ÿ“‚ Unggah Sekuens A
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .txt โ€” Sekuens pertama (Query)
๐Ÿ“‚ Unggah Sekuens B
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .txt โ€” Sekuens kedua (Subject)
Multiple Sequence Alignment (MSA)
Penjajaran ganda berbasis Center-Star Heuristic untuk konservasi genetik.
Algoritma mengeksekusi iterasi matriks Needleman-Wunsch pada sekumpulan sekuens FASTA untuk membangun blok penjajaran murni secara client-side. (Maksimal 20 Sekuens).
๐Ÿ“‚ Unggah File Multi-FASTA
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna โ€” Multi-FASTA, maks 20 sekuens
Pembaca Kromatogram (AB1)
Ekstraksi sekuens basa murni langsung dari file biner sekuensing Sanger dengan fitur Multi-Upload & Alignment.
Modul ini dapat membaca hingga 2 file .ab1 sekaligus (misalnya pasangan sekuens Forward dan Reverse). Sistem akan mengekstrak sekuens basa (PBAS) secara lokal tanpa koneksi internet, lalu Anda dapat menjajarkannya secara instan.
๐Ÿ“‚ Unggah File Sekuensing AB1 (Bisa Multi-Select)
๐Ÿ“ˆ
Klik atau seret 1-2 file .ab1 ke siniFormat biner ABIF dari mesin sekuensing
Atau Copy-Paste Sekuens Manual
Sifat Fisikokimia Protein (ProtParam)
Kalkulasi Berat Molekul (Molecular Weight), Titik Isoelektrik (pI), dan komposisi asam amino.
Masukkan sekuens Asam Amino (format protein satu huruf). Algoritma menghitung estimasi pI menggunakan nilai pK EMBOSS dan berat molekul isotop rata-rata.
๐Ÿ“‚ Unggah File Protein (FASTA / TXT)
๐Ÿงฌ
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .txt โ€” Sekuens asam amino satu huruf
Visualisasi 3D Protein & Makromolekul (PDB)
Render interaktif struktur tersier/kuaterner 3D protein, asam amino, heliks alfa, lembaran beta, dan ligan dari berkas format .pdb / .cif atau database RCSB PDB.
Dukungan Format: Membaca berkas koordinat .pdb, .ent, .cif, .mmcif, .mol, .xyz secara client-side berkecepatan tinggi dengan akselerasi perangkat keras WebGL. Anda juga dapat menarik struktur langsung menggunakan 4-karakter PDB ID dari repositori global RCSB PDB.
๐Ÿ“‚ Unggah Berkas Struktur 3D Protein
๐Ÿ”ฎ
Klik atau seret file struktur ke sini .pdb ยท .cif ยท .ent ยท .mmcif ยท .mol ยท .xyz ยท .txt โ€” Maks 50 MB
ORF Finder (Open Reading Frame)
Ekstraksi kandidat gen penyandi protein dari 6 reading frames sekuens mentah.
๐Ÿ“‚ Unggah File Sekuens Genomik
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna ยท .txt โ€” DNA genomik, maks 200 KB direkomendasikan
Restriction Enzyme Digest Mapper
Simulasi pemotongan enzim dan prediksi fragmentasi Gel Elektroforesis.
Terintegrasi dengan pustaka situs pengenalan enzim restriksi utama dari standar klasifikasi kloning New England Biolabs (NEB).
๐Ÿ“‚ Unggah File Sekuens DNA
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .txt โ€” Plasmid atau gen target
Pohon Filogenetik & Bootstrap
Konstruksi pohon kekerabatan sekuens menggunakan MSA, UPGMA, dan Felsenstein Bootstrap.
Maksimal 20 Sekuens untuk menjaga stabilitas RAM browser Anda. Semakin besar nilai Bootstrap, semakin lama proses komputasinya.
๐Ÿ“‚ Unggah File Multi-FASTA
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna ยท .txt โ€” Multi-FASTA, maks 20 isolat
*Gunakan nilai Bootstrap 0 untuk pohon reguler (cepat). Nilai 100-1000 untuk pengujian keandalan klade.
Analisis & Desain Primer
Kalkulator Tm termodinamika dan generator desain primer in-silico otomatis.
PrimerPanjang (nt)GC (%)Tm (ยฐC)
Forwardโ€”โ€”โ€”
Reverseโ€”โ€”โ€”
Suhu Annealing (Ta) Rekomendasi: โ€”
๐Ÿ“‚ Unggah File Gen Target
๐Ÿ“„
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .txt โ€” Sekuens gen target single, min 150 bp
SSR / Mikrosatelit Finder
Identifikasi Simple Sequence Repeat (SSR) dari sekuens genomik โ€” terinspirasi KRAIT & MISA. Proses 100% lokal, tanpa unggah data.
๐Ÿงฌ Input Sekuens (FASTA / Raw DNA)
๐Ÿ“‚ Unggah File FASTA / WGS Scaffold
๐Ÿงฉ
Klik atau seret file ke sini.fasta ยท .fa ยท .fna ยท .txt โ€” Single/Multi-FASTA, WGS scaffold diperbolehkan
โš™๏ธ Parameter Pencarian (Min. Jumlah Repeat)
Default parameter mengikuti standar KRAIT / MISA (Thiel et al., 2003).
โš ๏ธ Konfirmasi Sekuens Non-Nukleotida
Terdeteksi 0 karakter non-nukleotida selain A, T, C, G, N pada sekuens input Anda.

Karakter non-ATCGN yang terdeteksi:
โ€”

Apakah Anda yakin ingin melanjutkan analisis? Karakter non-nukleotida tersebut akan diabaikan secara otomatis untuk menjaga keakuratan translasi frame ORF.

โ„น๏ธ Informasi BioTools
๐Ÿ“– Panduan Penggunaan
๐Ÿ“š Referensi Ilmiah
๐Ÿš€ Riwayat Pembaruan

Privasi & Keamanan Data (Client-Side)

BioTools memproses seluruh sekuens Anda secara lokal (di dalam browser perangkat Anda) menggunakan JavaScript murni. Data Anda tidak pernah diunggah ke server mana pun, menjamin keamanan mutlak untuk data genomik eksklusif atau paten yang belum dipublikasikan. *Pengecualian hanya berlaku pada modul NCBI BLAST yang harus berkomunikasi dengan server E-Utilities NCBI.*

Tips Penggunaan Cepat

  • MSA & Visualisasi: Hasil penjajaran ganda (MSA) menampilkan asam amino/nukleotida yang diberi kode warna standar. Klik "Salin ke Word" untuk mengopi format tersebut langsung ke laporan Anda.
  • Kustomisasi Filogenetik: Anda dapat mengganti warna garis, tipe font, hingga kemiringan teks (*Italic* sangat berguna untuk penulisan nama latin spesies) di bilah alat Filogenetik sebelum mengeklik tombol *Fullscreen* atau mengekspor ke *PNG*.
  • ORF & Proteomik: Gunakan ORF Finder untuk mengekstrak urutan basa penyandi, lalu salin hasil translasinya ke tab "Fisikokimia Protein" untuk mengetahui berat molekul (kDa) dan sifat asam/basanya (pI).

Aplikasi ini didukung oleh algoritma bioinformatika saintifik yang tervalidasi. Berikut adalah referensinya:

SSR / Mikrosatelit Finder

Thiel, T., Michalek, W., Varshney, R. K., & Graner, A. (2003). Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.). Theoretical and Applied Genetics, 106(3), 411-422.
Kang, X., Zhao, G., & Liu, Q. (2016). KRAIT: an ultrafast tool for genome-wide survey of microsatellites and primer design. Bioinformatics, 32(21), 3412-3414.

Multiple Sequence Alignment (MSA) & Penjajaran Lokal

Notredame, C., Higgins, D. G., & Heringa, J. (2000). T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. Journal of Molecular Biology, 302(1), 205-217.
Smith, T. F., & Waterman, M. S. (1981). Identification of common molecular subsequences. Journal of Molecular Biology, 147(1), 195-197.

Analisis Protein (Berat Molekul & Titik Isoelektrik)

Bjellqvist, B., Hughes, G. J., Pasquali, C., Paquet, N., Ravier, F., Sanchez, J. C., ... & Hochstrasser, D. F. (1993). The focusing positions of polypeptides in immobilized pH gradients can be predicted from their amino acid sequences. Electrophoresis, 14(1), 1023-1031.
Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Duvaud, S., Wilkins, M. R., Appel, R. D., & Bairoch, A. (2005). Protein identification and analysis tools on the ExPASy server. In The proteomics protocols handbook (pp. 571-607). Humana press.

Pohon Filogenetik & Bootstrap

Felsenstein, J. (1985). Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution, 39(4), 783-791.
Vinga, S., & Almeida, J. (2003). Alignment-free sequence comparisonโ€”a review. Bioinformatics, 19(4), 513-523.

Kalkulasi Tm Primer (Termodinamika)

SantaLucia, J. (1998). A unified view of polymer, dumbbell, and oligonucleotide DNA nearest-neighbor thermodynamics. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(4), 1460-1465.

Versi 9.2 (Current) - Manual Sequence Editing & Kromatogram Trace
Menambahkan kemampuan modifikasi basa sekuens secara manual (*copy-paste*) sebelum mengeksekusi alignment (*Smith-Waterman*) di modul AB1 Kromatogram. Selain mengekstrak deret basa (*PBAS*), sistem kini membaca langsung array biner pada tag `DATA` (9-12) dari mesin Sanger dan menampilkan grafiknya menggunakan Chart.js.
Versi 9.1 - AB1 Alignment & Filogenetik Fix
Memperbaiki byte offset pada parser ABIF agar tidak terjadi error saat membaca kromatogram. Memperbaiki ekspor SVG/PNG Filogenetik agar nama spesies tidak terpotong.
Versi 9.0 - Ekstraksi Kromatogram (AB1) Lokal
Penambahan modul Pembaca Kromatogram yang mengimplementasikan binary parser untuk format ABIF (*Applied Biosystems Inc.*). Memungkinkan ektraksi deret sekuens basa murni langsung dari file biner Sanger Sequencing tanpa aplikasi desktop.
Versi 8.0 - Universal FASTA File Upload
Penambahan komponen FASTA File Uploader di semua modul dengan batasan keamanan 50 MB untuk memori browser.